Det högsta beslutande organet för Sankt Lazarusorden i Sverige är årsmötet.
Mellan varje årsmöte leds verksamheten av Storprior med stöd av Rådet.
Verksamheten bedrivs på nationell nivå och lokalt genom kommanderier eller delegationer.
Det svenska storprioratet av Den militära och hospitalära Sankt Lazarusorden av Jerusalem